1932年10月，菲共被宣布為非法，並轉入地下，1932年，一個合法的馬克思主義政黨——菲律賓社會黨建立。1935年，菲共加入共產國際，1937年，在世界法西斯力量發展的大背景下，菲共被重新合法化，1938年獲得合法地位，與菲律賓社會黨合並。1940年，菲共加入人民陣線，參加大選，在呂宋島表現不俗，拿下了6個市長職位。菲律賓被日本占領后，菲共組織了“菲律賓抗日人民軍”，與日本侵略者作戰，菲共在反抗日本侵略的過程中力量不斷壯大，日本投降后一些人開始走和平鬥爭路線。1946年，它在總統選舉中加入民主聯盟參選，菲共的不斷壯大威脅到了美國及其扶植的菲律賓政府的利益，此后，菲律賓工人運動遭到沉重打擊，1948年，菲共轉入武裝鬥爭，並被政府禁止活動，兩年后又繼續走回武裝路線。